Primeiramente você deverá ter o IMG Tool 2.0 instalado, caso não tenha clique aqui.

É importante frisar que a maioria das skins já vem com um tutorial, porém vou explicar o processo de instalação mais detalhadamente:

Instale o IMG Tool 2.0 na pasta que se encontra o GTA San Andreas, e abra-o.

Clique em File > Open (a partir dai é só procurar a pasta models em Rockstar Games > GTA San Andreas e abrir o arquivo gta3.

Então é só selecionar a skin que queira substituir e clicar emReplace. É necessário substituir sempre a skin no formato .txd e .dff e lembre-se, antes de começar a instalar as skins, faça back-up, salvando o arquivo gta3 em outro local.

Obs¹: Skins também podem ser instaladas via SAMI.
Obs²: ID das skins: http://weedarr.wikidot.com/skinlistc